La Junta Arbitral del Concierto Económico es un órgano de deliberación y resolución de los conflictos que se susciten entre la Administración Tributaria del Estado y las Diputaciones Forales, o entre éstas y la Administración de cualquier Comunidad Autónoma en relación con:

- A.1) La aplicación de los puntos de conexión de los tributos concertados. (El concepto "punto de conexión" es el utilizado por el Concierto Económico para determinar qué normativa es de aplicación, común o foral, y cuál es la administración a la que se le atribuye el rendimiento o la competencia para la exacción de un determinado tributo concertado).

- A.2) La determinación de la proporción correspondiente a cada Administración en los supuestos de tributación conjunta por el Impuesto sobre Sociedades o por el Impuesto sobre el Valor Añadido. (El Concierto Económico determina los casos en los que la empresa debe tributar exclusivamente a una administración y los casos en que debe tributar compartidamente al País Vasco y a territorio común. En este segundo supuesto se establecen reglas para fijar qué porcentaje de la deuda debe ingresarse en cada territorio).

- B) La interpretación y aplicación del Concierto Económico a casos concretos concernientes a relaciones tributarias individuales.

- C) Las discrepancias acerca de la domiciliación de los contribuyentes.